阿赖耶一词，各个宗派都在用，但不同宗派对其所赋予的涵义却是各不相同的；甚至同一宗派在不同的地方，对其所赋予的涵义，也是大相径庭。譬如，在密宗续部中，如来藏有时叫做阿赖耶，八识里的阿赖耶识有时也叫做阿赖耶。所以很多人就分不清阿赖耶识与如来藏的关系了。但在藏传佛教当中，这应该不是难题，因为二者的差别非常明显。首先，阿赖耶识属于八识的范围，但如来藏已经超越了八识。论唯识自己也承认，虽然说阿赖耶是不空、实有的，但也是无常生灭的；第二，阿赖耶识是不清净的有漏轮回之法，属于四圣谛中的苦谛；而如来藏却是无漏的清净之法，属于灭谛；第三，如来藏不能存储，而阿赖耶识就像电脑的储存器一样，可以储存各种轮回的有漏善、恶种子；第四，如来藏是恒常的，阿赖耶识是无常的，但我们必须知道，如来藏的本体也是空性，第三转法轮的《入楞伽经》中也讲得非常清楚：外道的自我是实有而不是空性，如来藏却是空性。
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